在魚缸中有魚的情況下給水殺菌是需要謹慎操作的，以下是一些可行的方法：
一、物理方法
- 紫外線殺菌
紫外線殺菌燈是一種比較常用的裝置。它的原理是透過紫外線照射破壞微生物（如細菌、病毒和藻類）的 DNA 結構，從而阻止它們的繁殖和生長。將紫外線殺菌燈安裝在魚缸的過濾系統中，讓水在迴圈過程中經過紫外線照射區域。例如，一個小型的魚缸（30 - 50 升）可以使用功率為 5 - 10 瓦的紫外線殺菌燈，每天開啟 2 - 4 小時，這樣可以有效減少水中的有害微生物數量，同時又不會對魚造成太大的傷害。不過要註意，紫外線對人體和魚的眼睛及皮膚都有傷害，所以在觀賞魚的時候要關閉紫外線燈，並且要避免魚直接暴露在強紫外線下。
二、化學方法
- 使用水族專用殺菌藥
二氧化氯 ：這是一種相對安全且高效的水族殺菌藥物。它能夠氧化分解水中的細菌、病毒和藻類等有害物質。在使用時，要嚴格按照說明書上的劑量進行投放。一般來說，每 100 升水中可以投放 0.3 - 0.5 克的二氧化氯泡騰片。投放後，藥物會在水中迅即溶解並行揮作用。因為二氧化氯在殺菌過程中會產生一些副產物，如亞氯酸鹽和氯酸鹽，但只要控制好劑量，這些副產物的濃度就會保持在安全範圍內，不會對魚造成危害。
甲硝唑 ：對於治療魚缸中的厭氧菌感染很有效。如果魚缸中的魚出現了爛鰭、爛尾等癥狀，可能是厭氧菌感染導致的，此時可以使用甲硝唑。通常每 10 升水中加入 0.2 克甲硝唑片。不過這種藥物主要針對特定的病菌，不能全面殺菌。
- 海鹽殺菌
對於一些淡水觀賞魚，適當添加海鹽也有一定的殺菌作用。海鹽可以調節魚的滲透壓，同時對一些細菌和寄生蟲有抑制作用。一般每升水添加 3 - 5 克的海鹽。不過要註意，不是所有的觀賞魚都適合在有海鹽的環境中生活，像一些對鹽敏感的小型燈魚，添加海鹽可能會對它們造成傷害。
三、生物方法
- 培養有益細菌
硝化細菌是魚缸生態系中非常重要的有益細菌。它們可以將魚糞便和食物殘渣產生的氨氮轉化為亞硝酸鹽，然後進一步轉化為硝酸鹽。硝酸鹽對魚的毒性相對較低。可以透過添加含有硝化細菌的菌劑來培養這些有益細菌。例如，在新魚缸建立或者換水後，按照產品說明添加適量的硝化細菌菌劑，這樣可以幫助建立一個健康的水族生態系，減少有害細菌的滋生。同時，保持過濾系統良好的執行，為硝化細菌提供合適的生存環境（如充足的氧氣和合適的溫度），有助於它們更好地發揮作用。
