本回答長達三萬多字，所以先放一個總結在前面，正文的解釋會比較清楚：
一、牛頓出生在清教徒環境中，一出生就是基督徒（上學之後的宗教環境是英國國教）。牛頓生活的年代社會宗教氛圍濃厚，科學範式還沒有成型。當時神學中研究自然規律的部份稱為自然神學或者自然哲學，牛頓的科學研究屬於自然哲學，在當時算是神學的一部份，這麽算來他一輩子都在研究神學。牛頓主要的物理、數學成果基本來自於1665年夏天到1667年春天在老家躲避瘟疫期間的工作，然後三十歲不到就開始主要研究聖經和煉金術，而並不是像網上某些人盛傳的那樣「年輕時研究科學，晚年轉向神學」。
二、牛頓在神學上有三個重要特色。
1、牛頓是虔誠的非主流基督徒，是反對三位一體的異端。牛頓不承認耶穌是神，而僅僅是個先知和彌賽亞，他認為神化耶穌是偶像崇拜。在反對三位一體的異端神學中，他的觀點介於阿裏烏斯派和蘇西尼派之間。
2、牛頓把經驗主義套用於聖經文本的研究，發現了聖經被人為篡改過的證據。
3、牛頓一方面堅持聖經直譯，一方面又認為聖經文本藏有預言。他花了大量精力研究但以理書和啟示錄，認為世界末日會發生在2016年或者2060年。
三、自然神論（和前面的「自然神學」完全不是一回事，雖然只差一個字）的形成受到了牛頓的研究方法和成果的重大影響，他對上帝的看法也和初期的自然神論非常接近，因此有部份研究者認為牛頓是早期的自然神論者之一。
文末有牛頓的簡略生平
牛頓在神學上最大的特色是否定三位一體。簡而言之，牛頓是個虔誠而堅定的異端，但是把自己隱藏得很好，以至於長時間以來少有人知。因此如果再有基督徒用牛頓來作為基督徒科學家的典範，那麽我們可以先問一下對方，承不承認三位一體？你認識的耶穌，和牛頓認識的耶穌是不是一回事？你眼中的聖經，和牛頓眼中的聖經是不是一回事？
根據Sarah Dry, 【The Newton Papers】一書作者的，牛頓留下來的手稿大概有1000萬字（words，為了符合中文的行文習慣就不改成「詞」了），其中50%是神學方面的，30%是物理學和數學，10%為煉金術，10%與牛頓任皇家鑄幣廠主管和廠長（Warden和master。我一時想不到好的轉譯先用「廠長」頂著，但總是覺得有股國企的味道）有關。神學手稿只有極少部份在牛頓生前發表，所以那些揪著牛頓生前釋出表的一本神學論著，告訴你這就是牛頓信仰的全部的，要麽沒有做好功課，要麽就是忽悠。
牛頓去世後因為他的親屬出於保護其聲望的目的也很少發表他的其他手稿著作，直到二十世紀三十年代以後才逐步公開。即使在十九世紀初劍橋大學獲得了牛頓的很多手稿，當時被安排去研究整理這些手稿的學者仍然因為他的異端觀念而感精神上的不適，其中包括海王星的共同發現者John Couch Adams，他們可能也出於保護牛頓聲望的目的，采用了拖延的辦法，花了16年時間最後什麽也沒發表。
牛頓手稿的底片版直到上世紀九十年代初才完全公開，1998年牛津歷史系啟動，目的是把牛頓所有的手稿和作品，無論是否已經發表，包括科學、煉金術和基督教神學方方面面，都放到網上供所有人瀏覽和使用。牛頓的神學手稿40%左右是用拉丁語寫作的，牛津歷史系把這些都轉譯成了英語，現在這些資料在牛頓工程都可以查到。
這個計畫的主持者Rob Iliffe教授根據這些資料，2017年出版了一本書【Priest of Nature: The Religious Worlds of Isaac Newton（自然的牧師：艾薩克·牛頓的信仰世界）】，他也在牛頓工程的網頁上放了一篇，有興趣的人可以去看一下原文。
雖然是簡述，但還是很長，我沒有精力全文轉譯，大致總結一下：
1、牛頓對唯一上帝的信仰非常堅定；
2、牛頓透過對聖經各種文本的分析，尤其是舊約時代和早期教會一些文本的分析，得出了一個結論：正統教會是腐敗墮落的，並且有目的地故意篡改了聖經，導致教會的信仰完全錯誤。
3、最重要的一點，牛頓不承認三位一體，無論對於天主教還是英國國教來說都是徹頭徹尾的異端。他認為耶穌是一個偉大的先知和彌賽亞，但絕不是上帝的兒子，耶穌因為順從和上十字架，而被上帝賜予了彌賽亞的位格。三位一體教條的確立，就是教會腐敗和變味的證明和結果。在反對三位一體的主要異端教派中，雖然牛頓的某些觀點和蘇西尼派相同，但是他更像是阿裏烏斯派。
4、牛頓生活的時代（1642-1727），英國政府釋出過兩次瀆神法令（Blasphemy Act1648和1697），反對三位一體的異端面臨迫害，甚至是死亡。根據前者不承認三位一體的人將被處死。1693年，英國出現一本攻擊三位一體的小冊子，英國上議院下令收集這些小冊子全部焚毀，次年作者和印刷者都被找到並處死。1697年蘇格蘭據此處死了Thomas Aikenhead，一位來自愛丁堡的學生，被朋友舉報反對三位一體，死時年僅20。
1697年的瀆神法令雖然比前者寬容，但是Thomas Emlyn，位高權重的伯爵和神職人員，仍然因為公開表露反對三位一體，於1703年被判入獄；接任牛頓盧卡斯教授席位的William Whiston也因為公開自己反對三位一體的觀點而在1710年被劍橋免職。再往前一些，十七世紀初英國最後一次對不承認三位一體的人執行了火刑，此時距牛頓出生也只有四十年左右。
這些案例反映了當時英國社會對宗教異端的高壓和迫害，因此雖然牛頓在劍橋三一學院的時候就已經形成了自己的反對三位一體的觀點，但是他隱藏得很好，只有他身邊的一個小圈子和部份親友知道這一點，他生前出版的神學作品也並沒有體現出他對三位一體的否定。他去世後，他的外甥女夫婦繼承了他的手稿，但也不敢過早出版以免影響他的聲譽，很多資料一直到二十世紀才得以公開。
談到牛頓的異端思想，先要簡單介紹一下「」、和。
大家都知道，基督教是亞伯拉罕一神教之一，崇拜的上帝就是猶太教的耶和華（雅威），舊約就是猶太教的聖經。一神教之所以被稱為一神教，就是認為只有一個神，其他的神都是偽神和偶像崇拜，多神教是原始落後的，基督教處於宗教鄙視鏈的上遊。基督教在羅馬帝國合法化以後，逐步消滅了羅馬、希臘等等地方原有的多神崇拜。
基督教和猶太教的最根本的區別就是耶穌（督），在經文上的區別就是加了主要記錄耶穌生平事跡的「新約」。耶穌自稱是上帝之子，新約記載了耶穌在傳道過程中的很多神跡，比如大家耳熟能詳的手到病除、驅魔、五餅二魚，乃至於死而復生。既然耶穌是上帝的兒子，又能展示神跡，那麽他應該也是神。但是這樣問題就來了：咱們是一神教，一天到晚鄙視那些多神教，怎麽咱們自個兒也整出兩個神（上帝+耶穌）來了？那不是墮落了嗎？
基督教剛開始的時候沒幾個人，還被羅馬帝國官方打壓，所以早期基督徒要麽根本就沒意識到這個問題，要麽仍舊受到多神教的潛意識影響，所以他們所留下的文本（不限於新約）中沒有任何一處明確指出耶穌和上帝除了父子關系之外還有啥關系。可是隨著基督教的壯大和合法化，這個問題就被較真的人意識到了，各路人馬開始挖空心思地想把這個漏洞補上：如何在一神論的前提下，把耶穌的身份、性質、與上帝的關系以合乎邏輯的方式確定下來。這種研究耶穌本質是什麽、和上帝是什麽關系的「學問」稱為基督論（christology）。
於是有人提出了二位一體（）的說法，即耶穌和上帝都是神，但是他們同一本質（essence）、同一本體（substance）、同一內容（nature），但是父和子擁有不同的位格（person）。雖然有些牽強，但已經屬於不錯的答案了。
可是猶太教在舊約中留了一個坑，那就是所謂的聖靈（或者holy ghost）。在創世紀一開頭就說：「起初神創造天地。地是空虛混沌。淵面黑暗。神的靈執行在水面上（And the Spirit of God moved upon the face of the waters）。」除此之外還有spirit of Yahweh（耶和華的靈）的說法，舊約和新約中都多次提到聖靈。那麽這個聖靈也必須得處理好，否則不又變成多神論了？
這時出現了一個早期基督教神學家德爾圖良，發散思維一上頭，他想啊：兩位一體都有了，再加一位不也順理成章嗎？因此他首先提出了「三位一體」的概念，即聖父、聖子、聖靈同一本質、同一本體、同一內容，但是擁有三個不同的位格。在早期，基督論有多理論並存，三位一體只是其中一種，並不占絕對優勢。到了四世紀，經過第一次尼西亞公會議和第一次君士坦丁公會議之後形成了尼西亞信經，耶穌和上帝同質的思想成為基督教正統，加上之後阿他那修斯信經的出現，才確立了三位一體在基督教正統神學中至高無上的地位，變成了基督教的天條之一，誰碰誰死。
天主教、東正教、新教的保守派這三大派都承認三位一體。基督教的第一次大分裂也和三位一體有關，即所謂的「和子說」。尼西亞信經中只說了「聖靈從聖父而出」，但西部教會從六世紀起偷偷在尼西亞信經中加入了「and from the Son」的字句，再次拔高耶穌的地位，把「聖靈從聖父而出」改成了「聖靈從聖父和聖子而出」。東部教會則堅持尼西亞信經原文，最後雙方各自絕罰對方，開除對方教籍，在1054年分裂為羅馬天主教（西部教會）和東正教（東部教會）。
但是三位一體的教條非常牽強，任何沒被洗腦的人都能找出很多漏洞，比如爹和兒子怎麽會是一回事呢？瑪麗聖靈感孕生了耶穌，也就是上帝借著一個凡人婦女，把另一個早已存在的自己生出來了，而且還非得借著另外一個自己也就是聖靈幫一把，聊齋裏的狐貍都比這全能啊；一個本質為啥要搞三個不同的位格？耶穌能自稱聖子，那後來也就有人能自稱聖老二，聖女兒，聖外甥乃至聖丈母娘等等，反正只要繼續加位格就行，搞四位一體、五位一體、百位一體都可以，邏輯上都是一樣的，最後還是落入了多神教。因此各種反對三位一體的「異端」思想從未消失過。正統派只能用洗腦和高壓來維持三位一體的主體地位，把不承認阿他那修斯信經的一律視為異端送上火刑柱。
英國國教（又稱為安立甘宗或者聖公會，其實英國國教剛開始就是不承認教宗的英國特色的天主教，從天主教照搬了很多教義、儀式、組織形式等等。從這個角度來說，英國國教就是英國的三自教會，中國搞自己特色的三自教會是有英國國教這個先例的）也承襲了這個做法，前面提到的英國瀆神法案就是針對否認阿他那修斯信經的人。但是就這樣基督教歷史上反對三位一體的人仍然前浪後浪浪浪不絕，理由更是五花八門各種各樣，其中就包括我們的牛爵爺。
阿他那修斯信經是基督教第一個明確確立三位一體教條的檔，據說是阿他那修斯被放逐後回到羅馬的時候獻給教宗儒略一世的。阿他那修斯信經又稱Quicunque Vult（Whosoever wishes，中文轉譯成欲得救頌或得救經，言下之意就是說想得救就得相信三位一體），挺長的，有興趣的可以去維基百科的詞條看一下。下面是比較短的節選，可以看到幾乎都是翻過來倒過去的軲轆話，跟前段時間美國總統靈性顧問時的軲轆話差不多（強烈建議去看看，很有趣不會失望的）：
Whosover will be saved, before all things it is necessary that he hold the Catholic Faith. Which Faith except everyone do keep whole and undefiled, without doubt he shall perish everlastingly. . . .
The Father Uncreate, the Son Uncreate, and the Holy Ghost Uncreate.
The Father Incomprehensible, the Son Incomprehensible, and the Holy Ghost Incomprehensible.
The Father Eternal, the Son Eternal, and the Holy Ghost Eternal and yet they are not Three Eternals but One Eternal.
As also there are not Three Uncreated, nor Three Incomprehensibles, but One Uncreated, and One Uncomprehensible. . . .
So there is one Father, not three Fathers; one Son, not three Sons; one Holy Ghost, not three Holy Ghosts.
And in this Trinity none is afore or after Other, None is greater or less than Another, but the whole Three Persons are Co-eternal together, and co-equal.
So that in all things, as is aforesaid, the Unity in Trinity and the Trinity in Unity is to be worshipped. He therefore that will be saved, must thus think of the Trinity.
牛頓神學的大方向是從新教的角度反對天主教，但是更進一步連三位一體也不承認。他認為三位一體的說法有兩個大毛病：第一，早期教會的文本不支持；第二，邏輯不通，比如耶穌說上帝比他自己偉大得多（此證據應該來自於阿裏烏斯在第一次尼西亞公會議上參照過的約翰福音，後文會提到），並且把上帝稱為my god。因此牛頓對於阿他那修斯信經十分不屑，說道「讓那些覺得這東西很有意義的人去吧；對於我來說這東西毫無意義（Let them make good sense of it who are able; for my part, I can make none.）。」
另外說一句，阿他那修斯信經在現代已被證明是假托（偽經），根本不是阿他那修斯所作，很多現代教會也不再使用。不得不說牛頓在神學上也是很厲害的。（PS：評論區有知友指出Creed不屬於經書，「經」都談不上，所以更談不上「偽」。我對此不是太了解，所以把知友的意見也放在這裏。）
阿他那修斯信經之所以被認為偽作有好幾個原因，比如阿他那修斯信經最早出現在加利西亞，用拉丁語寫就，而不是東部教會常用的希臘語；六世紀起阿他那修斯信經才廣泛被西方教會所采用，之前幾次公會議都沒有阿他那修斯信經的記錄，阿他那修斯本人和他同時代的人也都沒有提到過阿他那修斯信經；阿他那修斯本人是東部教會的，而信經只在西部教會流傳。
1940年發現了一份高盧修道士Vincent of Lérins（死於公元445年）的作品，研究者發現其詞句和阿他那修斯信經非常相似，因此推測信經是Vincent或者他的學生所作。
牛頓還發現了聖經被篡改的事實。在1690年11月14日牛頓寫給英國哲學家約翰·洛克John Locke的一封信裏，牛頓指出KJV版聖經約翰一書5：7和提摩太前書3:16被篡改過。這封信本質是一篇論文，題目是【（聖經文本兩個重要錯誤的歷史的說明）】。
約翰一書5：7：
For there are three that bear record in heaven, the Father, the Word, and the Holy Ghost: and these three are one.
這句話是非常明確的三位一體概念，而眾所周知整部聖經從未明確表達過「三位一體」，因此這一段很突兀。牛頓查閱了希臘語的早期版本聖經，發現這句話是被加進去的，早期版本聖經中沒有這句話。牛頓認為這句話本身應該是某人寫的邊註（Margin note），在傳抄過程中被有意無意地加到了正文中。這一結論被現代聖經學者廣泛接受，在現代出版的一些聖經裏已經把這句話改為邊註或者加上註腳說明有爭議。
因為指出聖經中唯一直接支持三位一體的小節是被後人人為加入的，這篇論著不可避免地帶有明顯的反三位一體傾向。因此牛頓生前沒敢公開發表，他去世後的1754年才得以出版。
PS：評論區有幾位查到的約翰一書5:7的詞句與牛頓參照的不一樣。這很正常，因為聖經有很多版本。舊約就不提了，新約從最初的希臘語到後來的拉丁語，再到後來的世界各地不同語言，再加上教派的不同，轉譯的程度不同，導致聖經版本非常繁雜，繁雜到聖經有專門的版本學。
牛頓研究的主要是KJV版聖經。至牛頓的時代，英語新教聖經流行比較廣泛的版本有三個，按照時間順序分別為亨利八世時期轉譯編篡的Great Bible、伊莉莎白一世時期的Bishop Bible，和1611年起出版的詹姆士國王版，即King James Version，簡稱KJV。KJV聖經自1660年代以後至今，一直占據英語新教世界主流地位。有興趣的可以去隨便哪個聖經網站找一下，看一下KJV聖經約翰一書5:7寫的是什麽。而且我也很清楚地說明了，就是因為牛頓的研究和質疑，「在現代出版的一些聖經裏已經把這句話改為邊註或者加上註腳說明有爭議」，在某些新版本的聖經中當然就找不到牛頓質疑的這兩句了。
這裏又要提到頓神學研究的方法學。牛頓神學研究的一個很大特點，是把他在科學研究中的經驗主義套用到了神學研究中，具體來說就是比較詹姆士國王版（KJV）聖經和早期希臘語聖經和拉丁語聖經之間的異同，這種研究方法被稱為「文本分析「或者」文本批判（Textual Criticism）」 。有段時間在美國非常暢銷的一本書【Misquoting Jesus: The Story Behind Who Changed the Bible and Why(錯引耶穌：修改聖經背後的故事)】，作者就是采用這種方法研究聖經不同時期和不同語種的文本，最後得出了聖經是人書（human book）而不是神書（holy book）的結論，自己也從高中時就擁有重生體驗的基要派福音派教徒，變成了不可知論者（知識越多越反動的典型：））。
牛頓出生和成長在新教環境中，不像天主教那樣由教會壟斷對聖經的解讀，而是人人都可以研究聖經；當時又有很多早期基督教學者和聖徒的手稿被發現，牛頓做為劍橋三一學院的教授有渠道可以研究這些手稿。透過這些研究，他在三一學院任教的時候開始形成反三位一體的觀念，這不得不說相當諷刺(此前我寫的是牛頓在三一學院「就讀」期間形成的反三位一體思想，有誤)。
1675年因為要求獲得聖職的壓力越來越大，牛頓考慮過放棄盧卡斯教授職位，後來他直接向當時的查理二世國王請求豁免為教會服務。牛頓已經做了為此暴露自己異端信仰並為此進行論戰的準備，為此他寫下了大量的手稿。沒想到查理二世一個月內就批準了牛頓的請求，豁免了牛頓和此後所有盧卡斯教授職位獲得者的聖職資格要求。這大概是牛頓的異端神學在他生前離暴露最近的一次。
（經驗主義，認為知識來源自感官經驗。經驗主義與理性主義和懷疑主義一樣，是認知論的一種觀點。經驗主義強調經驗證據比傳統或先天觀念在思想理論中更為重要，此外經驗主義者還往往會主張傳統事實上也來源於之前的經驗。經驗主義可以追述到古希臘醫者的思想，比如希波克拉底，啟蒙時代英國哲學家將之發揚光大，包括培根、洛克和休謨等。洛克認為人出生時心智是「空白石板」（blank slate），必須依賴感官經驗來形成概念。經驗主義是後來科學哲學的重要基石，比如現在我們經常說的「實驗驗證理論」、「可證偽性」等都來自於經驗主義。）
牛頓對聖經預言的分析與千年主義
有回答提到了牛頓對但以理書和啟示錄中預言的分析。的確，牛頓認為他是被上帝選中的一群人中的一個，任務是發現一套聖經密碼（Bible Code），並分析出聖經文本裏隱藏的預言。他還專門寫過一本論著叫【Rules for interpreting the words & language in Scripture理解聖經詞句與語言的原則】，但是從未發表。
雖然牛頓很不喜歡有人根據聖經發表一些情緒化的預言，但是很顯然他認為自己透過嚴謹分析得出的結論是不一樣的。1704年，牛頓根據自己的分析，得出了一個結論：世界將於2060年淪陷，基督再臨，從此世界變成上帝的神國。本世紀初，這個預言還被媒體炒作過。這麽牛逼閃閃的結論，是怎麽得出的呢？
在啟示錄中，聖約翰說敵基督（antichrist，有的直接轉譯成魔鬼）將會統治世界千年，然後基督會再次降臨，這就是後來所謂」千年主義「的來源。當然，後來的千年主義有好多流派，世俗的和神學意義上的都有，但是共同點是認為當前的世界是腐敗和墮落的，在一次大災難後世界淪陷然後重生，然後進入一個美好的時代。
啟示錄中的」千年「不是指正好1000年。牛頓認為啟示錄中提到的3年半，以當時每年12月、每個月30天的歷法算，折合1260天。但是牛頓的時代新約出現肯定不止3年半了，如果堅持聖經不會錯，那麽這裏的「天」就不可能是我們現實世界所說的「天」。牛頓和一些神學家認為啟示錄裏說的」天「實際上指代的是」年「，所以敵基督會統治1260年，然後迎來世界末日。
做為一個從小生活在新教環境中的基督徒，牛頓和當時許多新教徒一樣，把代表羅馬天主教的教皇制度當成敵基督。牛頓不反對哪一個特定的教皇，他反對的是教皇制度。因此他把教皇擁有世俗權力的那一年當成啟示錄中說的」千年「的起點。教宗利奧三世在公元800年為法蘭克國王查理加冕為「羅馬皇帝」，牛頓認為這是歐洲國王即位必須得到教廷承認的起點，也就是教廷權力淩駕於世俗權力的起點。800+1260=2060，於是牛頓據此預言2060年世界將會淪陷，而且根據啟示錄世界將會毀於火山噴發（結合網上關於黃石公園火山將於幾十年內大噴發的傳言，我不禁瑟瑟發抖）。
不過從1704年到1727年牛頓去世，牛頓繼續和同時代的一些新教神學家討論世界末日的具體年份。經過充分溝通，他們最後普遍同意世界末日應該是2016年而不是2060年。
查理大帝的父親矮子丕平是法蘭克加洛林王朝的開創者。從丕平的父親開始就已經掌握了法蘭克墨洛溫王朝的實際權力，父親去世後丕平不再甘為人下，因此向時任教宗匝加利亞咨詢：「如果一個國王不再掌握權力，那麽這個國家還正常嗎？」當時的教廷沒有什麽實際權力，教皇基本上就是個吉祥物，而且正受到倫巴底國王極大的軍事壓力而境遇窘迫。匝加利亞聞弦歌而知雅意，也有心拉攏丕平，因此回答：「不正常。」
丕平有了這個由頭，逼迫墨洛溫王朝最後一個國王希爾德瑞克三世退位去修道院出家，並在751年召集法蘭克貴族讓他們推舉自己成為法蘭克國王。法蘭克人的繼承傳統采用諸子均分制，而丕平的父親有兩任妻子好幾個兒子，他成為加洛林王朝的首任國王在國際上和國內地位都不穩固，亟需支持。在這個背景下丕平的好友和支持者薩爾斯堡的Vergilius建議他爭取教皇的支持來穩固地位。丕平采納了這個建議，雙方郎情妾意一拍即合，754年時任教宗斯德望二世排除重重困難，到巴黎為丕平舉行了盛大的加冕儀式，並授予丕平羅馬貴族頭銜。
加冕儀式後丕平投桃報李，進軍義大利擊敗並俘虜了倫巴底國王埃斯托夫，並於756年將從拉文納到羅馬的大片領土交給教廷，形成了一個「教宗國」，史稱「丕平獻土Donation of Pepin」。也就是說，從756年起，教廷擁有了管理國土的世俗權力。
於是牛頓和這些新教神學家一致同意將「千年」的起點定為756年，所以世界末日被提前到了2016年。當然，我們都知道2016年世界並沒有淪陷，牛頓的預言並不準確。
其實牛頓對於世界末日的推算還有好幾個版本（比如2034年），因為「千年」到底指的是多少年牛頓就有幾個猜想，起始年份也有好幾個想法，所以推算結果也有好多。結合牛頓炒股虧得底掉和研究煉金術多年沒啥成果的歷史，我覺得牛頓出生時技能點都加在物理和數學上了，在預測、算命、煉金術這些神秘學的東西上並沒有啥天分……
下面是一些名詞解釋，主要來源於維基百科的相關詞條，對於理解上文有一定幫助，爭取把本文寫成中文網上關於牛頓信仰比較全面易懂的一個版本。
看基督教歷史，一個感覺是人名太多了，而且很多人的名字和觀點是相關聯的，經常跳出一個人名就要去看他的觀點是啥，否則沒法看下去。為了幫助大家了解相關背景，我會介紹一下阿裏烏斯和阿他那修斯，後面會再介紹一下蘇西尼主義和一位論；第二個感覺就是基督教內部的派別之多，神學觀點差異之大都令人嘆為觀止。極端自由派神學和極端保守派神學的差異，可以與佛教和基督教之間的差別相比；而國內現在能接觸到的幾乎都是正統派和保守派，思想上的豐富性被極大簡化了；第三，各派別之間的鬥爭那真是刺刀見紅，殘酷性一點不亞於階級鬥爭……
阿裏烏斯
（關於Arius的音譯，有的音譯成亞流，我覺得有正統派刻意貶低的嫌疑。arius的發音在維基上有兩個，/əˈraɪəs, ˈɛəri-/，發音前一個類似於額賴額斯，後一個類似艾額禮，反正都不像亞流，所以我還是保留「阿裏烏斯」的音譯。）
阿裏烏斯是柏柏爾人，生卒年為250或256–336AD。他是埃及亞歷山卓保蓋瑞（就是馬可福音的作者馬可殉道的地方）地區的一個神父（priest）和長老（ presbyter）。阿裏烏斯的生平資料和作品都被有目的地銷毀了，後人要了解他的生平胡觀點只能在正統派論敵們批判他的言論中找到一些。即使論敵們痛恨他，但是據他們記載中不多的好話，阿裏烏斯是個苦修士，據說儀容甚佳品德高尚，深得教區男女信眾的愛戴。
當時基督論有幾個不同的觀點，一部份人認為耶穌和上帝是同質的，一部份人認為是相似的，但上帝和耶穌至少是同一個級別；另一些人比如阿裏烏斯認為耶穌比上帝略低一等，是上帝的第一個造物，非常完美且高於上帝的其他造物。
阿裏烏斯認為：如果上帝是父親，生下了兒子耶穌。那麽很明顯，耶穌的存在是有一個開始的，也就是說有一段時間，即耶穌本身出生前是不存在的，也就不是永恒的，（而上帝是自有永有的），從而可以證明耶不可能和上帝是完全同質的。同時阿裏烏斯強調上帝的唯一性和超越性，而耶穌只有在上帝的允許和賦予下才具有神的能力和神性。因此阿裏烏斯的基督論觀點就是，耶穌在永恒性和能力上都無法和上帝相提並論。阿裏烏斯還參照聖經作為論據，約翰福音14：28：「你們聽見我對你們說了，我去還要到你們裏來。你們若愛我，因我父裏去，就必喜樂，因為父是比我大的。」歌羅西書1:15：「愛子是那不能看見之神的像，是首生的，在一切被造的以先 。」
阿裏烏斯頭很鐵，是他主動挑起的論戰。當時亞歷山大教區的牧首和主教（patriarch，bishop）亞歷山大的亞歷山大（沒看錯，當時這些名人名字後面很多都跟有地名，跟中國士大夫喜歡用姓+地名裝逼類似，但是目的不同）發表了一次冗長的布道，主要就是講上帝和耶穌的相似性。做為主教大人的下屬，阿裏烏斯不組織信眾好好領會學習上級的精神，反而到處說亞歷山大主教是撒伯流主義復辟（撒伯流主義也是反三位一體的一種異端神學，認為上帝、耶穌和聖靈是一個神的不同的「形態」或「方面」，在不同時期被信徒所察知）。主教大人當然很不爽，開了個小會，放逐了阿裏烏斯。阿裏烏斯的支持者，包括信眾和一些神父，對此進行了強烈的抗議，而且阿裏烏斯的觀念也廣泛傳播到別的地區成為當時神學的一個熱點，因此無法再局限在亞歷山大教區之內，最後引起了當時的羅馬皇帝君士坦丁一世（Constantine the Great, 也轉譯成君士坦丁大帝）的註意。
君士坦丁任內313年與另一位羅馬皇帝李錫尼一起釋出了米蘭敕令，將基督教合法化。雖然君士坦丁自己臨終才受洗成為基督徒，但是當時他已經對基督教事物很有興趣，並有過插手基督教內部事物的先例。因此當他註意到阿裏烏斯引起的爭議後，他覺得應該消除這個爭議。他指派了一位主教帶著他的公開信去協調雙方的觀點，但是無果。於是君士坦丁采取了一個前所未有的辦法，召集一次帝國內各地區高級教士（ prelate）參加的會議以解決這個問題。
這次會議325年在尼西亞召開，是為第一次尼西亞公會議。除了不列顛尼亞地區，帝國內各教區都派出了代表，教宗西爾韋斯特一世雖然因為年老沒去，但是也派出了自己的代表。與會者中有22名主教支持阿裏烏斯，以他的師兄弟尼科米底亞的尤西比烏斯（這是個牛人，記住他的名字）為代表。阿裏烏斯的頂頭上司亞歷山大主教作為同質派當然也參加了，還帶了一個年輕的執事（deacon）阿他那修斯，後者沒有資格參與會議，只是做些跑腿的工作。
會議進行得非常激烈，辯論不斷升溫變成了爭吵。爭吵如此激烈，據說阿裏烏斯被聖尼古拉（感謝評論區 的提醒）扇了耳光。聖尼古拉是個老好人，以善於調解糾紛出名，是後世聖誕老人的原型，也是單身狗、海員、商人、改邪歸正的小偷、妓女、學生、兒童、釀酒師、典當行等的主保聖人。這麽個善於調解糾紛的老好人居然動手打了阿裏烏斯，可見當時的辯論是如何的白熱化。
最後大部份人都支持了同質派並在尼西亞信經上簽名，阿裏烏斯和另外兩位不肯屈服的主教被打為瀆神者，剝奪聖職並放逐。阿裏烏斯的師兄弟尤西比烏斯曲線救國，簽名逃過了清算，但是又和其他兩位主教分開簽名以示和其他正統派的區別，由此保留了革命的火種，在敵人內部繼續潛伏。
會議結束後阿裏烏斯遭到了迫害。君士坦丁釋出了殺氣騰騰的敕令：任何人發現阿裏烏斯的手稿和作品必須立刻焚毀，以確保他的觀點不會再誤導別人；任何人私藏阿裏烏斯的手稿和作品一律死刑。這就是為何阿裏烏斯的作品沒有存留下來的主要原因之一。
雖然會議結束後教會和羅馬政府組織了一次在亞歷山大及其附近地區的巡遊布道，宣布會議的結論和批鬥阿裏烏斯，但是這並沒有壓制住阿裏烏斯的支持者和同情者。關於耶穌本質的爭議並未平息，而且因為阿裏烏斯師兄弟尤西比烏斯和君士坦丁之間的良好關系（君士坦丁臨終受洗就是由尤西比烏斯主持的），君士坦丁對阿裏烏斯的態度也逐漸軟化，赦免了他，並且於336年直接指示君士坦丁堡的主教亞歷山大（和前面的亞歷山大的亞歷山大不是一個人，現在知道為啥人名後要跟地名了吧，羅馬人起名無能是出名的）接收阿裏烏斯。亞歷山大主教反對無效，只能熱切祈禱阿裏烏斯在歸途中死掉。上帝回應了他的祈禱，而且這次沒有打偏，只是時效性不那麽精準：阿裏烏斯沒有死在途中，而是死在到達君士坦丁堡之後不久。
阿裏烏斯的反對者們是如此痛恨他，用了很多尖刻和粗鄙的言辭攻擊他。甚至阿裏烏斯的死亡，根據他的一個激烈反對者的描述如下：
「那是一個禮拜六，阿裏烏斯計劃第二天與教會的其他人聚會，但是神聖的報應奪走了他大膽妄為的罪惡生命。當他走出帝國的皇宮，一些尤西比烏斯的黨徒接應並保護他在城裏驕傲地遊行，吸引所有人的註意。當他接近一個叫君士坦丁論壇的地方，有一排斑巖石柱矗立，這時一陣恐怖的良心上的懊悔抓住了阿裏烏斯，伴隨著一陣腸道恐怖的蠕動：他立刻詢問附近有沒有方便的地方。有人指點他去論壇的後面，他匆忙趕去。他感到一陣暈眩，把他的大腸拉了出來，伴隨著大量的出血；隨後他的小腸也拉了出來，再後面是他的脾和肝，還帶出了超多的血，所以他幾乎立刻就死了。這個災難發生的地方至今還在君士坦丁堡，就像我說的那樣，在那排石柱之後。由於不斷有人去那個地方指指點點，這異乎尋常的死亡成了一個標誌。」
字裏行間的惡毒、痛恨和大仇得報的快感撲面而來。很多現代學者懷疑阿裏烏斯的死很有可能是他的對手們下毒導致的。
下面這一段是私貨。為何正統派會如此堅持三位一體，堅持耶穌和上帝是同等同質的，並且如此痛恨否認這一點的異端呢？從人性惡的一面出發，其實有個很顯然的答案。基督教從猶太教而來，基督教甚至直接把猶太教的聖經拿來用了，耶穌本人也是猶太人。基督教和猶太教的最大區別就是耶穌，如果把耶穌置於上帝之下，比上帝低等，那麽為何還要向耶穌祈禱，而不直接跳過耶穌向上帝祈禱呢？耶穌如果是另外一個較低階的神，那麽首先基督教就不是一神教了（這裏很有趣，牛頓認為三位一體會導向多神論，而三位一體的本意就是為了避免多神論），而且這樣猶太教可以說你們基督教只不過我們的一個分支異端而已。所以三位一體是基督教的立教之本，是和猶太教分家，不做猶太教分支的基礎。所以正統派打壓迫害反三位一體的異端，不惜以火刑等肉體消滅方式來施以高壓，都是可以理解的。再加上歐洲基督教地區的反猶傳統，你品，你細品……
阿裏烏斯派或阿裏烏主義者Arian, 阿裏烏主義
細心的知友可能已經發現，Rob Iliffe教授描述的牛頓的基督論觀點和阿裏烏斯的觀點是有區別的，比如耶穌是否是上帝的兒子。這是因為阿裏烏斯是早期基督教會中反對三位一體的異端中最出名的一個，所以後來Arian和無神論者、敵基督一樣幾乎成了正統派罵人的一個詞，而很多反對三位一體的觀點都被裝進了阿裏烏主義這個筐裏。很多後來被貼上阿裏烏斯派標簽的人，觀點和阿裏烏斯並不是非常一致，對於被稱為阿裏烏斯派也很反感。現代基督教教派裏，耶和華見證人、摩門教都被認為是阿裏烏斯派。
實際上阿裏烏斯都不能算用他自己名字命名的這個教派裏最重要的人，比如他的師兄弟尤西比烏斯就比他混得好多了，影響了君士坦丁一世以後的幾任羅馬皇帝（君士坦提烏斯二世是阿裏烏斯派的同情者，尤利安叛教，瓦倫斯自己就是阿裏烏斯派），還領導了後來短暫的阿裏烏斯派對正統派的反撲和迫害。但是隨後羅馬皇帝狄奧多西一世上台，把基督教定為羅馬帝國的國教，同時在全國圍內開始了對阿裏烏斯派的審判、迫害，至此阿裏烏斯派才逐步失去影響力。
阿裏烏主義在北非，也就是阿裏烏斯的老家的傳統保留到七世紀；在歐洲北方則在哥特人中的影響很大。牛人尤西比烏斯發展了一個擁有父系哥特血統母系羅馬血統的人成為基督徒，此人名叫烏爾非拉。尤西比烏斯授予烏爾非拉主教職位，讓他去哥特和日耳曼部落傳教。烏爾非拉的傳教非常成功，所以哥特人和汪達爾人幾乎都是阿裏烏斯派。阿裏烏斯派神學傳統在德國北部一直保持到八世紀，後來在軍事征服和貴族的帶領下轉信正統派，阿裏烏斯派才逐步消失，然後在新教興起之後又得以再次出現，其中就包括了蘇西尼派。
亞歷山大的阿他那修斯
阿他那修斯前面在尼西亞公會議上露了一小臉，可以看出阿裏烏斯的頂頭上司，亞歷山大的亞歷山大主教很欣賞他。327年，第一次尼西亞公會議之後兩年，亞歷山大的亞歷山大主教去世。在他彌留之際，據說亞歷山大的信眾和教士們集結在他的病床前，高喊阿他那修斯的名字，不顧擔任牧首的年齡要求（30歲以上，當時阿他那修斯不到30歲），要求亞歷山大主教傳位給他。亞歷山大順坡下驢，阿他那修斯得以繼任亞歷山大的主教。
這一段記載非常有趣。阿裏烏斯在被亞歷山大主教放逐，乃至於後來尼西亞公會議被定為異端之後，仍舊得到了亞歷山卓信眾的廣泛支持，這些人不可能短短時間內就忽然從支持阿裏烏斯的鐵桿變成了年輕的阿他那修斯的鐵桿，因此亞歷山大主教病床前的某些人的表演乃至於該陳述本身都相當可疑，阿他那修斯從一個小小的執事超越幾個層級一躍成為牧首的合法合理性也很值得懷疑。後來阿他那修斯有過私下出售教堂為貧苦信眾準備的糧食為自己牟利的行為，牛頓很不喜歡他，認為他是個野心勃勃和自私自利的人，信仰只不過是他獲得地位的手段。
阿他那修斯在正統基督教歷史上很有名，還被封為聖徒。原因一個是因為他激烈反對阿裏烏主義和維護正統三位一體神學理論的立場，另一個是因為他的確在神學上有所成就，比如他是第一個檢定新約27部經書的人。
蘇西尼派Socinian，蘇西尼主義，一位論
蘇西尼主義是義大利新教改革家Lelio Sozzini和叔侄倆在十六世紀開創的，尤其以後者的貢獻為多，他的論著【De auctoritate scripturae sacrae（基督教信仰真理的證明）】對後世影響很大，他去世後出版的【Racovian Catechism（拉寇教理問答）】進一步擴大了他的影響。
Fausto Sozzini（1539-1604）出生於義大利錫耶納的一個望族。他的神學觀念在當時過於激進，在家鄉立腳不住只能流落異鄉，最後只有波蘭兄弟會（Polish Brethren，一個從波蘭加爾文宗分裂出來的小教派）接受了他的教理。Fausto一生顛沛流離，40多歲才娶了波蘭兄弟會一個貴族成員的女兒，次年妻子為他生下一個女兒後很快去世，從此Fausto與女兒相依為命。Fausto早年為了保住自己在老家的家產，被迫化名發表神學著作，但諷刺的是這實際上對他是一種保護；到了晚年他的家產被黑掉後他終於可以實名發表著作了，卻因此在當地社群暴露了異端身份，不久後就被居住地克拉科夫的暴民圍毆並驅逐，6年後去世。
在正統教派的眼裏接受了蘇西尼主義的波蘭兄弟會自然是異端中的異端，所以天主教會和加爾文宗合謀，在後來波蘭與瑞典的大北方戰爭中將波蘭兄弟會栽贓成瑞典人的內應，波蘭議會於1658年取締波蘭兄弟會並將其成員驅逐出境，後者不得不向普魯士、荷蘭和特蘭西瓦尼亞公國（現今羅馬尼亞境內，吸血鬼伯爵Dracula的家鄉）三個方向逃散。波蘭兄弟會逃出波蘭以後，Fausto女兒的子孫，也就是他的外孫和曾外孫陸續出版了一他的論著，這些論著逐步傳播到法國和英國。
蘇西尼主義神學的主要特點是拒絕正統教會有關耶穌本質的認識，比如三位一體、耶穌的神性，也拒絕救贖論。
1、蘇西尼主義否定耶穌的先存性，認為他做為一個人類在聖母懷孕之前是不存在的。這一點和阿裏烏斯的觀點不同，更不同於正統教會認為的耶穌和上帝同質，因此是自有和永恒的的觀點。
2、蘇西尼主義認為人被上帝創造的時候就是註定會死的，與亞當夏娃是否吃了智慧果無關，也因此否認原罪。這裏要提到一個概念Christian Mortalism，中文轉譯成靈魂睡眠，意思是指基督徒死了以後肉體消滅，靈魂進入睡眠狀態，直到耶穌再臨，肉體和靈魂都會得救重生。這個概念裏又隱含了一個概念，既人的靈魂（至少是基督徒的靈魂）是不朽（immortal）的。蘇西尼主義反對這個概念，即否認存在不朽的靈魂。
3、他們也否認耶穌為人類贖罪的說法。耶穌是道德典範，是人類向上帝祈禱的中介，這方面和伊斯蘭教對待安拉和穆罕默德的態度有些類似。
4、蘇西尼主義反對決定論。他們認為上帝的全知是有限的，僅僅適用於邏輯真理（），而不適用於偶然真理（），否則人類的自由意誌毫無意義。
5、良知拒絕Conscientious objection
出於良知而拒絕服兵役。這個可能也是他們被波蘭議會取締的原因之一。
6、反對除了聖經本身之外的各種教條式神學解釋，即anti-creedalism。但是他們同時又主張creed tolerance for all，也就是對所有宗教的所有教條都持有寬容態度。這個主張進一步就是信仰自由和講道自由。
7、反對神跡、奇跡等，但是卻認為處女懷孕是可以接受的。
因為上面這些與正統教會格格不入的神學觀點，加爾文宗聖徒John Edwards如此評論蘇西尼派：「in the very Socinian Doctrine it self there seems to be an Atheistick Tang.」意思就是蘇西尼派的教理充滿了無神論的刺鼻味道。
一位論這個詞的來源是oneness，意思就是只有一個神，所以也被轉譯成獨一神論。和一神論（monotheism）的區別是，一位論反對三位一體，否認耶穌的神性，認為只有上帝一個神，上帝之下沒有任何其他事物或者被造物具有神性。一位論並不是一個嚴密的教派，只要認同獨一神，反對三位一體的都可以被稱為一位論。
第一個一位論教會1568年在特蘭西瓦尼亞公國得到承認。1658年波蘭兄弟會的大部份成員逃到特蘭西瓦尼亞公國後，也接受了一位論者的稱呼。1665年Fausto的一個外孫Andrzej Wiszowaty Sr編篡兄弟會的書目，在標題裏提到他們被稱為一位論者，由此「蘇西尼派」和「一位論者」在很長時間裏被認為是等同的，但實際上這兩個詞有細微的區別，例如「一位論者」的指代更為寬泛。
一位論教會至今在美國、加拿大、英國、南非等等多個國家仍然存在，但是現在的一位論教會更加多元化，以信仰自由和講道自由為最高宗旨，因此很多國家的一位論教會中同時存在基督徒、無神論者、佛教徒、穆斯林等多種信仰，很有點國內民宗委牧師、方丈、阿訇一起開會的味道。嚴格意義上的一位論教會現在也存在，被稱為聖經一位論者（Biblical Unitarian）。
牛頓和蘇西尼派、一位論者的關系
加拿大哈利法克斯國王學院大學的助理教授是一位研究科技史的專家，他的哲學碩士和博士都是在牛頓的母校劍橋拿到的，他現在的研究方向也是牛頓的信仰問題。
網上可以查到Snobelen2005年寫的一篇論著的PDF全文，標題是【Isaac Newton Socinianism and "The One Supreme God」(艾薩克·牛頓，蘇西尼主義和「唯一超越性的上帝」)】。看了這篇論著之後，我發現牛頓和蘇西尼派之間的關聯和相似性比我之前想的要更緊密也更多。下面的內容多數來自於這篇論著的節選，一些人名的背景資料來自於維基。
蘇西尼派是一個善於思考非常博學的教派，也善於不停輸出自己的著作。從Fausto自己開始，波蘭兄弟會一直不缺乏在神學上不斷創新的理論家，影響越來越大，因此雖然他們的著作大部份是波蘭語、拉丁語和德語寫的，而且一直被正統教會認為是比阿裏烏斯派更危險的異端，但是因為蘇西尼派自成一體、邏輯嚴密而且自洽的教理，傳到英國後仍然受到了很多人包括低階神職人員的歡迎。
牛頓沒有加入過波蘭兄弟會，而且他生前公開發表的唯一的關於蘇西尼主義的意見也是負面的（牛頓一生都在小心翼翼地對公眾隱瞞自己的異端思想，這個做法很好理解），但實際上他在中年以後和蘇西尼派和一位論者私下一直有聯系，他對這些人也不隱藏自己反對三位一體的立場。
根據現在發現的史料，他至少和三個蘇西尼派，一個一位論者有或者有過不錯的私交。三個蘇西尼派是Hopton Haynes、約翰·洛克、Samuel Crell，一位論者是William Whiston。
Hopton Haynes是牛頓任皇家鑄幣廠廠長時的下屬，牛頓去世後他出版過兩本書籍，表明他是個蘇西尼派。1709年他幫牛頓轉譯了前述【聖經文本兩個重要錯誤的歷史性說明】的前半部份，因為這篇論文有明顯的異端傾向，說明Haynes知道牛頓的反三位一體立場，進一步說明牛頓很信任他，否則不會冒暴露的風險讓他做這件事。Haynes還和英國以及歐洲大陸上的一位論者圈子保持著頻繁的聯系，1701年他把一個歐洲大陸來的學生介紹給牛頓，三年後此人回到特蘭西瓦尼亞成為一位論教會的主教，也就是說最晚十八世紀初歐洲大陸的一位論教會內部就已經知道牛頓是個反三位一體的同道了。
在本文中約翰‧洛克似乎是個醬油角色，但是我查了一下維基百科和史丹佛哲學百科，發現我孤陋寡聞了。約翰‧洛克（1632-1704）是啟蒙時代英國最具有影響力的哲學家之一，號稱「自由主義之父」。他是英國最早的經驗主義者之一，上承培根，下啟伏爾泰和盧梭，在認識論和政治哲學上也很有成就，連美國獨立都受到了他的影響，美國獨立宣言就反映了他的思想。
這麽個大哲學家，現在已經證明是個不折不扣的蘇西尼派。他的藏書中有43本蘇西尼主義的書籍，幾乎當時比較重要的蘇西尼主義書籍都在其中。牛頓1689年開始和洛克開始神學交流，1690年寫了前述【兩個重要錯誤】交給洛克，這說明兩人對對方的反三位一體思想互相了解。洛克本人和很多蘇西尼派和一位論者也有聯系，比如Samuel Crell。
Samuel Crell來自於一個德國蘇西尼派家族，從他的祖父John Crell開始一直到他家族的下一代，從波蘭到倫敦再到美國喬治亞州，一家四代都是蘇西尼派的吹鼓手。1726年7月他和牛頓見了一面，為他的一本關於約翰福音序言的著作尋求資助。在見面之前，他寫信給牛頓介紹他書中的觀點，信中寫道：「如果基督教神學家們都承認聖經的語句中沒有任何一處稱呼耶穌為神……就不會激起那麽多關於耶穌神性的爭議了。」這句話毫不含糊地表明了反三位一體的觀點，而他仍然尋求牛頓的資助，因此他必然知道牛頓持有相同的立場，這很有可能早就由洛克告訴他了。
Crell後來寫給其他人的信表明，牛頓1711年就資助過他從英國回歐洲大陸。1726年兩人再會，牛頓和他多次會面，並且資助了他10個金畿尼（英國金幣，用22k黃金鑄成，每個重約8.5克，等值於當時的1英鎊），而且牛頓的藏書裏也包括了這本著作。
William Whiston自認為是牛頓的門徒，據說牛頓為他接任盧卡斯教授席位出過力。他也是牛頓神學的大力鼓吹者之一，和當時興起的自然神論支持者辯論。但是後來他與牛頓的關系開始緊張，其中一個重要原因是1707年他把牛頓做盧卡斯教授時的講義編成了一本書，叫【Arithmetica Universalis（通用算術）】，但是卻沒有署牛頓的名字。這在任何時代都是犯大忌諱的事。據說牛頓知道這本書出版後非常生氣，甚至於想出錢把所有印刷出來的書全部買下好銷毀它們。
之後Whiston因為暴露自己的反三位一體觀點被免除盧卡斯教授職位趕出劍橋大學，聲名狼藉。牛頓沒有出面支持他，反而因為這件事中止了他出版【兩個重要錯誤】的計劃；至此兩個人算是徹底鬧掰。
岔遠了。回到牛頓自己，他的藏書裏面有8本蘇西尼派著作，而且這些書裏有很多折角和批註 ；相對應的，他的藏書裏路德和加爾文的著作各只有一本。
牛頓身邊有如此之多的蘇西尼派和一位論者，甚至還出資購買或者資助蘇西尼派的論著，說明他並不認為蘇西尼派異端（否則他自己也變成了異端）。牛頓早期認同阿裏烏斯派的見解，與蘇西尼派最大的不同就是他認同耶穌的先存性。為了解決在這個重要問題上和蘇西尼派的不同，牛頓從早期教會教士的做法中得到支持：那些皈依了基督教，認為耶穌從出生開始才存在的拿撒勒人，和那些承認耶穌先存性的基督徒，可以在一個教會裏和睦共處，都不認為對方是異端。耶穌的地位和性質的觀點，並不能成為評判一個基督徒是否是異端的標準，這個問題本身是adiaphoron（希臘語，意即無差別的，無所謂的，無關緊要的東西）。
牛頓的基督論其實和阿裏烏斯或者蘇西尼派都不完全相同，早期偏向阿裏烏斯派，但是可能是因為牛頓采取的研究方法和蘇西尼派非常相似（比如文本批判，聖經直譯biblical literalism等），導致他後來的觀點和蘇西尼派越來越接近，除了耶穌的先存性之外到了最後幾乎和蘇西尼派完全相同（很顯然，在這個問題上Snobelen和牛津工程的Iliffe教授的觀點不一致），以至於他後來在自己公開出版的著作中露出了一些端倪。
其中最重要的事件，是牛頓再版他的名著【自然哲學的數學原理】時，在總註釋（General Scholium）中加了一大段神學內容，包括經常被基督徒們參照作為牛頓信神依據的「most beautiful System of the Sun, Planets, and Comets, could only proceed from the counsel and dominion of an intelligent and powerful being.」誠然這些優美的句子的確說明牛頓是個虔誠的基督徒，但是後面他還寫了很多，其中有一句」……For God is a relative word……「。註意這個relative，正統派絕不會用這個詞，因為三位一體理論中聖父、聖子、聖靈是相等的，都是絕對的神，不存在「相對的」神這個概念；只有否認耶穌和上帝同等的異端才會用到「相對的」這個詞。
因此就這麽一句話，有人就嗅出了異端的味道。此人不是別人，正是前面提到過的加爾文宗聖徒John Edwards，此人是當時正統派著名的異端獵手和看門狗（watchdog）。不得不承認，此公的神學修養和異端嗅覺都是相當厲害的，做為一個異端獵手，他對異端們的著作研究如此之深入，不禁讓我想了鑒黃師這個職業：）。他公開指出，這句話直接出自於蘇西尼派大佬John Crell （前文提到過，他是Samuel Crell的祖父）的著作【De Deo et ejus attributis (Concerning God and His attributes關於上帝內容的思考)】，而且連章節都找到了：此書的第十三章！不過還好，雖然現在我們從事後諸葛亮的上帝視角知道他說得完全對，但是那時候很多人都不知道牛頓巨大聲望之下掩藏的異端傾向，所以支持他的人極少，他的指控沒有翻起太大浪花。
最後再談一下牛頓對自己神學的定位。從前面的介紹我們可以看出，基督徒的神學觀點並不是鐵板一塊。僅就基督論一個問題，就有認為耶穌和上帝等同的三位一體正統派，到撒伯流主義，再到阿裏烏斯認為耶穌是第一個造物但和上帝不同質，到蘇西尼派連耶穌的先存性也不承認，到humanitarianism（這個詞在神學中不是人道主義的意思，我覺得轉譯成耶穌凡人論比較好）認為耶穌就是個普通人，在兩頭當中存在著相當廣的連續光譜。也是心疼正統派，異端層出不窮打不勝打，打了快兩千年異端們反而都開宗立派了。當然正統派認為自己理所當然是正確的，擁有最高的地位，而其他異端根據異端成分的濃厚程度的不同依次排在下面的位置。
牛頓不同意這種高下之分。他認為三位一體派在最保守的右邊，humanitarianism這類在最離經畔道的左邊，而他自己的觀點是最折中最純潔的，教會的未來在和他類似的教徒身上，總有一天他這樣的教徒會代替腐敗變味的正統派。：）
牛頓與自然神論（）
Deism的詞根來自於拉丁語deus，有神論（Theism）的詞根來自於希臘語theos，這兩個詞根的意思都是「神」，因此deism和theism的原意是相同的。很有趣的一件事是，史丹佛哲學百科上搜不到專門的deism的詞條，雖然在其他詞條裏會用到這個詞。後來我看了一些文章後才發現，deism的含義變化太大了，不同時期不同國家的自然神論都不一樣，甚至有不同的稱呼，比如christian deist，deistic christian，deistic humanitarian等等，這大概是史丹佛哲學百科沒有專門做一個自然神論詞條的原因。這也說明，如果說一個人是不是自然神論者，前提是要給出確切的定義。那麽牛頓是不是自然神論者呢？
太長不看版：十七世紀開始歐洲出現了理性主義（十七、十八世紀稱為啟蒙時代），一些宗教改革也開始主張用理性改良基督教，剝離其中神秘主義和迷信的部份，蘇西尼主義是其發端之一。受理性主義的影響，英國出現了最初的自然神論。洛克在哲學上、牛頓在自然科學上給了理性主義很大的支持（雖然不是主動和有目的的）。英國自然神論後來分為兩支，一支傳到美國，是為英美派，另一支傳到歐陸，主要是伏爾泰為代表的法國派。兩派最大區別是英美派主張用理性改良基督教，而法國派則主張用理性消滅宗教，這一派後來演變成為無神論。以英美派自然神論的標準來看，很多學者認為牛頓是早期的自然神論者，雖然他自己並不這麽認為；而以法國自然神論標準來衡量牛頓，那麽牛頓確實不是自然神論者。
順便提一句，「大自然即上帝」嚴格來說不是自然神論，而是泛神論，我以前也搞混過。這也是為何我覺得「自然神論」這個轉譯不是太好的原因，因為在中文語境中比較容易望文生義理解成「大自然即神（上帝）」。deism的本意是自然而然產生的、天然的對上帝的崇拜，所以我覺得可能轉譯成「天然神論」或者「自發神論」比較合適。
自然神論的源頭可以追溯到古希臘，基督教世界自然神論的理論基礎來自於對十三世紀基督教神學大家阿奎那認識論的反思。阿奎那把知識分為兩類，一類是上帝的啟示，一類是自然的理性（自然神學或者自然哲學）。他認為上帝的啟示高於理性，也即「啟示高於理性」。
十五世紀開始出於對羅馬天主教會的腐敗和內部勾心鬥角的厭惡，歐洲出現了宗教改革的苗頭，最後以馬丁·路德的【九十五條論綱】（吐槽一下，這個轉譯挺有日本人名字的嫌疑）為宣言確立了新教改革的基礎，這就是基督教歷史上第二次大分裂。但是路德的改革同樣利用了世俗權力的參與，因此同樣出現了大量腐敗和政治鬥爭，這又導致新教內部的分裂。一些更為激進的宗教改革派不滿於路德的「威權改革（Magisterial reformation）」，發起了對威權改革的改革，被稱為激進改革（Radical reformation）。這些激進改革派比路德派走得更遠，對天主教的神學、教條、組織形式和儀式等各方面都進行了反思，其中就包括了蘇西尼派。
蘇西尼主義反對阿奎那對知識的看法，認為早期的基督教教士為了吸引信眾，在聖經中保留了一些奇跡、神跡等超自然的東西，但是這些東西無法經過理性的檢驗，實際上是迷信。蘇西尼主義認為應該摒棄這樣的的」啟示「，而用理性來證明和堅定自己的信仰，也即理性對人類認識上帝至少和啟示一樣重要。
牛頓的科學成就，向哲學家們展示了一種認識自然科學規律，從而更好的認識上帝的途徑。因此有些人認為，僅僅透過人類的理性就可以認識上帝，所有的所謂」啟示「對認識上帝毫無價值，也即」理性高於啟示「。
在這個過程中出現了自然神論。現在一般公認第一代Cherbury男爵愛德華·赫伯特Edward Herbert是自然神論之父，1624年他發表了著作【On Truth, as It Is Distinguished from Revelation, the Probable, the Possible, and the False】，轉譯成中文是【論真理，及其與啟示、可能性以及謬誤的區別】。
有人肯定發現了，英語標題裏不是有兩個「可能性」嗎，你怎麽轉譯完了只有一個了？連這個都有中間商賺差價？Probable和possible在中文中都轉譯成「可能」，但是在英語中這兩個詞有很大區別，區別在於可能性的大小。Probable指很有可能發生的事，possible發生的可能性很小。舉例來說，張三買了一張彩票，那麽他中獎的可能性是possible；但是如果張三把一期彩票的90%都買下來了，那麽他中獎的可能性就是probable。因為我找不出中文對應的轉譯，所以只好留了一個「可能性」。
又扯遠了，回到正題。赫伯特先是論述了真理的本質和標準，他認為真理分為四個層級，第一層是事物的本真，第二層是事物的表象，第三層是我們對事物的理解（概念），第四層是我們的理智。這四層之間是遞進關系，而每一層之間都會引起謬誤，比如事物的本真和表現出來的樣子有可能是不一樣的，我們根據事物的表象形成的概念也可能與之不符。要糾正這些錯誤，就必須依靠我們的理智。
他認為，我們的神智活動和外部事物之間有一種和諧關系，每一種外部事物都會引起一種特定的神智活動。而根據外部事物的不同，引起的神智活動可以由高到低分為天然直覺、內部感覺（各種感情）、外部感覺（感官）、論述或者理由。而人的神智包括智慧，就是神性最高等級的投影，天然直覺是神性直接刻印在我們的骨子裏的（天賦論），因此擁有無可爭議的正確性。
從天然直覺會產生一系列的「共同觀念（Common Notions）」。在論證到這裏，男爵同誌忽然話鋒一轉，談到了宗教，並且列出了五條有關宗教的共同觀念，後來成為英美自然神論的總綱：
1、存在一個超越性的上帝；
2、人類有信仰上帝的責任；
3、道德和虔誠是崇拜上帝的主要部份；
4、如果我們悔罪並從善，上帝會原諒我們；
5、上帝會獎賞好人，並且懲罰惡人，無論是在生前還是死後。
咋一看，這五條和一般正統派基督教的主張沒啥區別。但是男爵同誌又加了幾句，他認為這五點包含了「真正」的基督教，也就是理性宗教的所有教理；同時這五點也是所有原始宗教的特點，而那些貪婪而巧舌如簧的教士背棄了這些共同觀念。他進一步認為凡是和這五點共同觀念相背的，都是錯的；而那些所謂「高於理性」的觀念，如果和這五點相符有可能是真的神的啟示，但是被記錄下來的啟示就不再是啟示，而僅僅是傳統，這些傳統正確與否也要看闡述者的理解與動機（意思你們別去聽那些神職人員瞎咧咧，他們都壞著呢）。另外，這五條雷根本沒提到耶穌。
在赫伯特另外一本論著【De Religione Gentilium（論異教宗教）】裏，他基於以上的論述，進一步得出結論：當時已有的所有宗教，都是純潔原始的理性宗教的腐敗墮落版本。總結一下男爵的觀點，那就是俺承認有一個獨一無二的神，但是根據俺的理性判斷神跟你們所有教會都沒關系。到了這裏，deism才被賦予了新的含義：人類自然而然、自發產生的對唯一神的理性崇拜，沒有經過任何有組織宗教的汙染。
男爵同誌嘴炮很爽，被他噴的人就不那麽爽了，尤其是被他指名道姓的天主教會。英國國教早就從天主教獨立出去了，天主教會不能伸手到英國把男爵抓來燒烤，只能把他的著作列為禁書泄憤。
可以看出，男爵雖然被奉為自然神論之父，但是做為一個哲學家他還是差點火候，他的理論有個致命的缺陷，就是所謂的「出生時就被刻印在心智中的天然直覺和共同觀念」，也就是天賦論。
約翰·洛克反對天賦論，1690年他在論著【Essay Concerning Human Understanding（人類認識論）】中透過令人信服的論證（具體論證就省略了，本回答已經長得我自己都受不了了。只提一個論證，不可能存在所有人都同意的共同觀念），把所謂「共同觀念」給斃了。從此自然神論者們無法再從共同觀念的角度來證明自己的信仰，同時又受到牛頓科學成果的影響，轉向經驗主義和設計論。
洛克把天賦論從自然神論中剔除其實是幫自然神論的理論基礎打修補程式，因為他又從認識論的角度為自然神論提供了更為堅實的的基礎。他認為啟示是上帝透過特殊的交流方式給予人的知識，但是如果一個人聲稱他受到了啟示，我們如何判斷他說的是真的呢？這就必須要用到我們的理性，看他說的是否與我們已知的真理相沖突。而且即使一個先知從上帝那裏獲得了本原啟示（original revelation），但是在他寫下來以後再轉述給其他人，就變成了次生啟示（traditional revelation），後者因為轉述中必然產生的錯誤、語言的轉換等等因素必然會失真，這就又必須用到我們的理性來糾正這些錯誤，因此理性高於啟示。
洛克之後的自然神論重要經典有的論著【Christianity not Mysterious (基督教並不迷信）】，和的【Christianity as Old as the Creation（基督教與創世一樣古老）】。這兩位重要的自然神論吹鼓手再一次強調了人類理性在信仰中的作用，他們比洛克更進一步，認為神的啟示如果沒有經過理性的檢驗就根本不算啟示。從此自然神論雖然仍然披著基督教的外衣，但逐漸成為一種新的信仰。
所以我們可以看到，蘇西尼主義、一位論和自然神論在理論上有著傳承關系。事實上，很多時候不少學者會混用這三者。約翰·洛克也被部份學者稱為自然神論者，但是他在神學上承認本原啟示的存在，也認可神跡是上帝引起人類註意的一種方式，因此這個稱呼有點勉強；但是洛克的觀點無疑已經很接近自然神論，尤其是理性主義和宗教自由。
牛頓對自然神論的貢獻，除了他的科學成就本身被當成是理性最佳的產物之外，他與萊布尼茲的一場間接辯論也與現在大眾所熟知的」上帝鐘表匠「比喻有關。
這場辯論1715年-1716年發生在萊布尼茲和牛頓的最著名的支持者之一Samuel Clarke之間，主要論題是牛頓的絕對時空觀和萊布尼茲的相對時空觀，不過也談到了自由意誌和上帝是如何創造世界的。普遍認為在辯論中Samuel Clarke受到了牛頓的指點。
1704年牛頓在他的名著【Opticks（光學）】中說到：
」For while comets move in very eccentric orbs in all manner of positions, blind fate could never make all the planets move one and the same way in orbs concentric, some inconsiderable irregularities excepted which may have arisen from the mutual actions of comets and planets on one another, and which will be apt to increase, till this system wants a reformation。「
意思就是彗星的軌域都是偏心圓，而行星則都是同心圓，它們互相之間的作用力會被放大，導致某一刻必須要進行調整（否則這個體系無法繼續維持，彗星最後會落到行星上）。誰來調整呢？當然只有創造了這個世界的上帝有這個大能。所以牛頓的機械論宇宙觀如果用「鐘表匠類比」來描述，那就是上帝創造了這個如同鐘表般精密的宇宙，並且持續地監測並給予調整，就如同給表對時、上發條。
萊布尼茲1711年與牛頓發生過關於微積分發明權的爭執，牛頓借英國皇家學會的名義給萊布尼茲貼了個「欺詐」的標簽。估計因為心裏還有一口怨氣，所以萊布尼茲在和他的朋友威爾斯王妃卡羅琳（後來的喬治二世王後）的通訊中忍不住吐槽牛頓，說他對上帝的全知全能沒有信心，造了個表還得不時上發條，那上帝就不完美了：
」Sir Isaac Newton and his followers have also a very odd opinion concerning the work of God. According to their doctrine, God Almighty wants to wind up his watch from time to time: otherwise it would cease to move. He had not, it seems, sufficient foresight to make it a perpetual motion.「
萊布尼茲對上帝的看法，認為上帝在創造並推動了世界之後就不管了，稱為上帝缺位（Absentee God），是「鐘表匠類比」的另一個變種。有一些百科、詞典類網上資源常常把上帝缺位當成自然神論的一個必要的判斷標準，但實際上並不是公論。
不知咋的這封信被Clarke知道了，於是爆發了這場論戰。萊布尼茲說牛頓古怪對上帝沒信心，Clarke反手就給萊布尼茲扣了個」離無神論者一步之遙「的大帽子：上帝創造了世界然後就此不管了，那現在還要上帝幹啥呢？
論戰最後因為萊布尼茲去世而結束。勝負且不論，但是牛頓對上帝的觀點表露得很清晰：上帝創造了世界，設定了執行的規律，並且還持續幹預著這個世界。總的來看，雖然牛頓從物理學角度出發，而赫伯特男爵從形而上學角度出發，但是牛頓對上帝的觀點和Herbert自然神論五條綱領觀點非常相似，算是殊途同歸。再加上牛頓也反對三位一體之類的神學教條，所以頗有一些學者認為牛頓是早期的自然神論者。
伏爾泰1726年和法國一個權貴家族子弟發生爭吵，被對方找人修理了一頓還構陷入獄。他要求用流放到英國代替入獄被法國政府接受（到英國去算是流放，而且伏爾泰和法國政府還都認為理所當然，這乳英乳得可算是不動聲色了），從此在倫敦旺茲沃思呆了兩年。這兩年裏，他接觸了自然神論、牛頓的物理學和洛克的哲學，也變成了一個自然神論者。他回到法國以後把自然神論帶了回去，經過他的宣傳自然神論在法國一時成為顯學。法國有自己的哲學傳承，受此影響法國的自然神論和英美系的不太一樣，主要區別是更為世俗化，對宗教的態度更為激烈，因此現在英美系的自然神論者並不承認大革命期間法國自然神論者的資格，而是認為他們實際上就是無神論，甚至認為社會主義、納粹都是法國自然神論者搞出來的。但是因為伏爾泰的名望和影響力，法國這一派的自然神論觀點，比如激烈反對宗教、認可萊布尼茲的上帝缺位等觀點反而成為大眾所熟知的自然神論。
法國著名的自然神論者還有盧梭和法國大革命的領導者羅伯斯庇爾。羅伯斯庇爾反對天主教，所以動用國家力量大力扶植過自然神論和基於無神論的信仰」理性崇拜（Cult of Reason）「做為替代。
德國的自然神論者記錄很少，不過根據伏爾泰和腓特烈二世的通訊來看，後者是自然神論者。康德也被一部份學者認為是自然神論者，我對此不了解。
美國國父們與自然神論
自然神論大興一時的時候，美國還是英國的殖民地，受過教育的殖民地上層人士也受到了英國思潮的影響。美國的國父們（，一般指聯合最初的13個州，領導了獨立戰爭並建立起美國國家框架的一批領導人 ，也轉譯為）做為當時殖民地的精英階層，自然也在其中。他們的宗教信仰一直頗有爭議，基督徒們很喜歡宣稱美國以基督教立國，理由之一就是國父們都是基督徒。如果強行把自然神論算成一個基督教教派，那麽基督徒們的說法倒是成立的，可自然神論者們不同意。下面這兩個網站，一個是，另一個是美國某個，從這兩個網站來看，自然神論者們很不樂意被稱為基督徒。
在美國國父們中，約翰·亞當斯、本傑明·富蘭庫林、亞歷山大·漢米爾頓、約翰·傑伊、湯瑪斯·傑佛遜、詹姆士·麥迪遜和喬治·華盛頓被認為是最重要的代表人物。根據自然神論者們的資料，這7人中除了約翰·傑伊之外，其他6人都是自然神論者或者一位論者（漢米爾頓少年和老年時是比較傳統的新教徒，當中一段時間是自然神論者），他們中華盛頓、亞當斯、傑佛遜和麥迪遜還是美國最早的前四任總統。其他的建國元勛中，還有伊森·艾倫、湯瑪斯·潘恩、 Cornelius Harnett、 Gouverneur Morris、Hugh Williamson也是比較肯定的自然神論者。另外，美國憲法中自由主義傾向尤其是信仰自由，反映的就是約翰·洛克的思想，而洛克與自然神論的關系我們前面已經說過了。
在說到美國的自然神論者時，必須要先提到一個人，那就是（）。可能他的名字不如其他幾位美國國父那麽如雷貫耳，但是出生於英國的他可以算是美國獨立運動的筆桿子。他寫的小冊子【Common Sense(常識)】和【The American Crisis（美國危機）】激勵了很多美國愛國者起來鬥爭，亞當斯說過：「如果沒有【常識】作者的筆，華盛頓的劍將歸於虛空。」
但是潘恩的另一本著作【（理性時代）】則算得上是美國自然神論的聖經。潘恩承襲了啟蒙時代的理性主義、無國界的人權、自由思考、信仰自由等思想，在神學上則反對任何有組織的宗教，尤其是基督教，倡導自然神論。在本書的開篇他就寫道：
I believe in one God, and no more; and I hope for happiness beyond this life.我相信有一個神，僅此而已；而且我也期盼超越今生的幸福。
I believe in the equality of man; and I believe that religious duties consist in doing justice, loving mercy, and endeavouring to make our fellow-creatures happy.我相信人人平等；我也相信信仰的責任在於公正，仁慈和努力使我們的同類幸福。
I do not believe in the creed professed by the Jewish Church, by the Roman Church, by the Greek Church, by the Turkish Church, by the Protestant Church, nor by any church that I know of. My own mind is my own church.我不相信猶太教、天主教、東正教、伊斯蘭教、新教或者任何我知道的宗教所宣揚的信條。我自己的心靈就是我自己的宗教（這句話太有力量了）。
All national institutions of churches, whether Jewish, Christian or Turkish, appear to me no other than human inventions, set up to terrify and enslave mankind, and monopolize power and profit.所有國家資助的宗教，無論是猶太教、基督教或者伊斯蘭教，對我來說都是人類的發明，其目的就是恐嚇和奴役人類，以壟斷權力和利潤。
潘恩在書中主要批判了天主教和教皇制度的腐敗以及對世俗權力的追求，質疑聖經的合法性和合理性。他認為神跡是假的，聖經就是一本普通的文學作品而不是所謂的神啟之書。【理性時代】在美國賣得很好，廣受歡迎，是美國歷史上數得上的暢銷書之一。但是因為他對宗教的批判非常激烈，一方面導致他受到了英國政府官方的迫害，一方面受到了教會和教徒的排擠。即使他既用筆桿子又用錢袋子（他用他在法國的影響力為美國獨立軍籌款）支持美國獨立，但是他在美國去世後他的葬禮只有6個人參加。就像其他那些被基督徒們所痛恨的異端們一樣，他也被贈予了」無神論者「的稱號（這裏再吐個槽。「無神論者」在現代中國沒有貶義，但是在歐美基督教和所有一神教看來都是一個罵人的詞，他們如果攻擊一個人是無神論者，那說明已經很嚴重了。所以我們如果看到有教徒說某某是無神論者，我們要看清楚上下文和被扣帽子的人的言論加以仔細辨別，因為教徒們多數時候僅僅是情緒輸出而並不是真相，比如潘恩和後面要提到的傑佛遜）。
富蘭庫林在他的自傳中寫過，他年輕時看了幾本基督徒反駁自然神論的書籍，但是他覺得反駁很無力倒是自然神論很有道理，於是看了這基本書後他就變成了一個徹底的自然神論者。
傑佛遜自稱是唯物主義者和一位論者，他甚至被同時代一些人稱為無神論者。傑佛遜受洛克的思想影響很大，尤其是信仰自由和理性在信仰中的作用。傑佛遜還編了一本【傑佛遜聖經】，把聖經中的神跡和教條部份去掉，只留下道德勸誡的部份。傑佛遜和富蘭庫林在信仰方面都深受潘恩的影響。
華盛頓生前從未說過他是基督徒，臨終也沒有找過牧師神父舉行宗教儀式。與他私人關系不錯的一個長老會教徒在給別人的信中說：根據華盛頓的表現，他是個自然神論者。
亞當斯總統任內參議院透過了，其中明確說到：「As the government of the United States of America is not in any sense founded on the Christian Religion美國政府在任何意義上都不是建立在基督教信仰之上」。參議院透過該條約後亞當斯立刻就簽署了。亞當斯也是一個一位論者，他對教士的評價是：」pretended sanctity of some absolute dunces某些純傻瓜假裝出來的神聖「。
美國憲法之父麥迪遜對基督教的某些評價也是相當直白：」Religious bondage shackles and debilitates the mind and unfits it for every noble enterprise.宗教的束縛桎梏而且削弱人的心靈，使之不再適合任何崇高的事業。"
"During almost fifteen centuries has the legal establishment of Christianity been on trial. What have been its fruits? More or less in all places, pride and indolence in the Clergy, ignorance and servility in the laity, in both, superstition, bigotry and persecution. 基督教的合法性已經試驗了幾乎十五個世紀。結果是什麽呢？在所有地方或多或少的，（我們可以看到）教士的傲慢和懶惰，平民的無知和奴性，兩者還都迷信、偏執和迫害傾向。"
英美派自然神論的快速衰落也很有戲劇性。一個重要原因是，這一派的自然神論者對於信仰自由的理解有點佛系，似乎把信仰自由直接等同於「不傳教」，比如華盛頓和傑佛遜自己是自然神論者，但是他們的家人卻幾乎完全不受他們的影響，都是虔誠的新教徒。另外一個方面，休謨雖然也被一部份學者稱為自然神論者，但是他對因果關系的否定所產生的懷疑主義對自然神論者所堅持的理性主義造成了釜底抽薪式的打擊，也是自然神論衰落的一個重要因素。
需要再次強調的是，自然神論的內涵變化很大。前面只是大致理了一下自然神論出現和變化的脈絡，至今為止自然神論仍然沒有一個所有人都能接受的定義。比如自然神論者普遍都接受一個上帝並反對天啟宗教，但是這個上帝是創世的上帝，或者化身為自然界的上帝；創世的上帝是缺位的上帝，還是持續幹預世界的上帝；這個上帝是人格化的，還是非人格化的；對於聖經的態度，有承認啟示的，不承認啟示的；有認為聖經是道德律令，也有認為聖經的道德不合時宜的，等等。因此有人總結，現代的自然神論其實只是一個外殼，自由思考和信仰自由才是所有自然神論者的共識。
寫這個回答的初衷是因為牛頓的信仰一直是個很有爭議的問題，我自己也曾以為牛頓是伏爾泰那樣的自然神論者（我記得這個說法來自於方舟子）。為了徹底搞清楚這個問題，我到網上搜了一下，發現因為牛頓工程的關系，學者們獲得牛頓的以前未公開的手稿方多了，國外新世紀以來有不少研究成果，而中文網上的相關知識還沒來得及更新。
對於牛頓的信仰，我覺得這是個單純的歷史問題。人是很復雜的，牛頓也同樣，他在不同問題上的看法和成就加起來才構成了立體全面的牛頓，只強調其中一點無疑是片面的。「牛頓是一個基督徒」是對牛頓這個人在信仰方面的一個描述，不能引申開來說明任何別的問題。
有基督徒喜歡聲稱某某名人是基督徒，如果僅僅是個陳述，我認為只要是真實而全面的，那沒有問題；但是如果想要用「某某名人是基督徒」來證明信基督教是正確的，那麽我覺得不成立。
如果該陳述是真實而全面的（比如這個名人和聲訴者所信奉的教理完全一樣，而這非常難，因為基督教有四萬多教派而且新的教派還在不斷增加中），那麽也犯了「訴諸權威謬誤」，名人在其他方面的成就並不能證明ta的信仰就是正確的；如果真實而不全面，比如正統基督徒用「牛頓是基督徒」來證明自己信基督教的正確性，我們已經知道牛頓是個異端，用異端的觀點來證明自己信仰的正確性就相當搞笑了。這種基督徒要麽對牛頓的異端觀點無知，要麽就是習慣於只告訴別人局部真理，簡而言之不是無知就是壞；如果不真實（比如至今還有基督徒用」愛因史坦是基督徒「來傳教），那就更不要說了，這種人純粹就是無知。
寫這個回答我翻了一些資料，對於我個人來說最大的收獲是對基督教的思想史有了一個略微清晰的認識。因為華人基督徒至少一大半是正統保守派的，他們無形中代表了基督徒保守反智的形象。但是看了這些資料以後我才知道，雖然正統保守派竭力想讓外界產生「老子唯一正確」的印象，但基督教內部並不是只有正統派一個聲音，相反他們的思想非常豐富。我以前拿來反駁保守基督徒的一些理由，其實自由派基督徒早就已經想到過而且論證得更充分，比如洛克對理性高於啟示的論證；還有對聖經文字無誤論的分析，牛頓就已經做過了；我以前回答裏關於」「這個聖經裏的漏洞，也是自由派基督徒指出來的。這大概也是正統派基督徒如此痛恨異端的原因吧，畢竟來自內部的敵人更可怕也更可恨……
所以我覺得，不要輕視基督教，帶著獨立客觀的立場去研究它，尤其是它的異端思想，裏面的好東西還是不少的，了解基督教才能更好的反對它。
牛頓簡略生平
艾薩克·牛頓Isaac Newton，儒略歷1642年的聖誕節（相當於格裏歷也就是公歷1643年1月4日，因為英國直到1752年才改用格裏歷，因此本節裏日期都是儒略歷的）出生於英國林肯郡一個名叫Woolsthorpe（直譯就是「羊毛村」）的清教徒小村子。他是個遺腹子，他的父親，一個不識字的自耕農，在他出生前兩三個月時去世，牛頓沿用了他父親的名字。
1645年牛頓3歲的時候，母親Hannah Ayscough再婚嫁給了鄰村一個富有的63歲教區牧師。這老頭把牛頓送還給外祖和舅舅William Ayscough撫養，因此牛頓很討厭他的繼父，對母親也有一些心結，小牛頓曾經想過要把繼父一家燒死在他們的房子裏。牛頓的外婆和母親都識字，她們給了牛頓最早的啟蒙教育。
1653年繼父去世，牛頓的母親回到Woolsthorpe的舊居和牛頓團聚，同時還有牛頓的三個同母異父弟妹。牛頓一生未婚，這三個弟妹成為他後來最親近的家人。
1654年牛頓在舅舅的幫助下進入Grantham國王學校學習，為讀大學做準備。在這裏他學習了拉丁語和希臘語，也打下了良好的數學基礎，並開始嶄露在機械方面的天賦。1659年他的母親讓他回家經營農場，但是牛頓誌不在此，在自家農場耽擱了一年，對母親的怨恨加深。在國王學校校長勸說下，牛頓的母親同意他繼續讀書。
1661年牛頓入學劍橋三一學院。他能入學得益於兩個人，一個是他的舅舅William Ayscough，一個是他母親閨蜜的兄弟Humphrey Babington，這兩個人都是三一學院的畢業生，後者給了牛頓很多支持。牛頓入學時年紀比同學大，經濟上也比較困難，需要做近侍（valet）來半工半讀。
1664年牛頓獲得學士學位（Bachelor of Arts），經濟情況好轉，得以繼續攻讀碩士。開始接觸笛卡爾的哲學，以及伽利略、克卜勒的天文學理論，受到開始發端的科學革命的影響，反思當時學術界占主流地位的柏拉圖和亞裏斯多德的哲學。
1665年倫敦爆發大規模鼠疫，史稱倫敦大瘟疫，超過10萬人死亡。三一學院被迫關閉，牛頓回老家Woolsthorpe繼續自己的研究。從1665年夏天到1667年春天，牛頓透過實驗獨立完成了他生命中最重要的一些發現，比如光學、萬有重力，並且獨立發明了微積分，因此這兩年不到的時間被稱為「奇跡之年」。之後牛頓的科學研究基本只是整理和發展這兩年中的成果。
1667年4月牛頓回到劍橋，並在10月被推舉為三一學院的院士（Fellow）。按照以前的規定，院士必須按立為英國國教牧師；但當時英國國內政治動蕩，議會派和保皇黨此起彼伏，因此這個要求也變成了只要和國教信仰保持一致即可。此時牛頓的信仰還沒有發生變化，因此在當選院士的時候按常規承諾「我將把神學做為我的研究目標並且將會按立為牧師，否則七年任期結束後就辭職。」牛頓還兩次簽署了同意英國國教【三十九條信綱】的同意書，一次是當選三一院士，一次是兩年後擔任盧卡斯教授的時候。
1668年利用自己發現的光學原理發明反射望遠鏡。獲得碩士學位（Master of Arts）。
1669年，當時的盧卡斯數學講席教授Isaac Barrow，因為對牛頓在微積分方面的研究印象深刻，而且他本人對神學和管理更為熱衷，推薦牛頓繼任盧卡斯教授，並得到批準。1670年代開始，牛頓把主要精力轉到對聖經和煉金術的研究上，前者的結果就是牛頓很快形成了反三位一體的思想。
1671年應皇家學會要求對反射望遠鏡的原理進行了說明，稍晚牛頓把這些說明用「【Of Colours（論顏色）】的標題發表。受到煉金術的影響，牛頓用赫爾墨斯神秘主義來解釋他的光學理論。
1672年1月，牛頓當選皇家學會院士。2月牛頓向皇家學會送出了有關他光學發現的論文，因為牛頓持光的粒子說，當時的皇家學會秘書勞勃·虎克（多才多藝的偉大科學家，號稱英格蘭的達芬奇，就是發現細胞的那個虎克）和荷蘭天文學家惠更斯則持波動說，因此雙方進行了4年左右的激烈學術交流。做為一個學界新人，牛頓覺得自己遭到了打壓，在1675年給虎克的一封信裏說出了那句著名的」如果我看得更遠是因為我站在巨人的肩膀上「，表面是奉承，實則諷刺虎克身材矮小。因為這段不愉快的學術交流，牛頓從1676年開始了長達近十年的自我封閉（這大概是」牛頓是峋山隱修會修士「謠言的由來），不再發表自然哲學方面的論文。這段時間內除了和萊布尼茲、John Collins進行微積分方面的交流，牛頓停止了其他所有的學術交流 。
1679年牛頓母親去世，牛頓把母親葬在父親墓地旁邊。
虎克1660年就開始形成了重力和平方反比定律的概念，但是無法用實驗和數學驗證，因此在牛頓料理完母親的喪事返回劍橋後，虎克代表皇家學會專門給牛頓寫了封信，請牛頓幫助解決重力和平方反比定律的論證。牛頓其實早就發現了萬有重力，並用他發明的微積分給出了證明，但一直秘而不宣。因為對虎克的敵意，他收到信後並沒有把自己的成果拿出來。
1684年初虎克與英國天文學家哈雷、雷恩（Wren）討論了平方反比定律（後二者也透過研究克卜勒第三定律都獨立發現了平方反比定律）但是都無法證明它，因此不知道行星軌域的形狀。8月哈雷專門去劍橋與牛頓討論這個問題，牛頓立刻就回答是橢圓形的（簡直爽文主角標配情節），哈雷極為震驚要求看證明，牛頓找不到以前的筆記，於同年11月從頭再次給出了證明。哈雷看了以後意識到這個發現的重要性，敦促牛頓發表。
1685年牛把他的論著【On the Motion of Bodies in Orbit（論軌域物體的運動）】送出給皇家學會。
1686年把【自然哲學的數學原理】全文送出給皇家學會。
1687年9月【自然哲學的數學原理】正式出版，並給牛頓帶來了巨大的聲望。牛頓在書中致謝了虎克、哈雷和雷恩，指出他們三人都獨立發現了重力但未能給出證明。虎克認為是自己的研究啟發了牛頓，對牛頓獨占發現萬有重力的榮譽很不滿，兩人矛盾加深。
1689年牛頓當選為代表劍橋的國會議員。
1692-1693年中有18個月牛頓出現了抑郁、暴躁易怒、失眠、消化不良等癥狀，受此影響他和丟勒的關系在這段時間裏惡化。透過對牛頓頭發的檢測，現代法醫發現牛頓頭發中汞、鉛、銻、砷的含量都遠超正常值，他這段時間的癥狀和汞中毒的表現非常類似。因此現代學者認為牛頓的」黑暗之年「是他做煉金術實驗中毒導致的。
1696年牛頓在三一學院校友、第一代哈利法克斯侯爵Charles Montagu，後來的財政大臣的推薦下任皇家鑄幣廠主管（warden）。同年牛頓最小的同母異父妹妹Hannah Smith的第二個女兒Catherine Barton（1679-1739）搬來和牛頓同住，1698年成為Charles Montagu的管家直到1715年Montagu去世。牛頓在鑄幣廠的職位本來應該是掛名性質的，但是他做得非常好，甚至親自到酒吧參加調查，在打擊偽幣方面做了很多工作。
1699年前任皇家鑄幣廠廠長（master）去世，牛頓接任。
1701年牛頓從劍橋退休。
1703年虎克去世。牛頓被選為皇家學會主席。牛頓當選後計劃搬遷皇家學會的辦公場所，但直到1710年才完成搬遷。搬遷過程中虎克的畫像和很多手稿遺失，而同是皇家學會重要人物的波義耳的畫像則得以保留。虎克同樣一生未婚無合法婚生子女，畫像遺失導致現在無人知道虎克的確切長相，手稿遺失則導致虎克在科學史上的地位曾被嚴重低估。結合牛頓和虎克之間的長期矛盾，牛頓在虎克畫像、手稿遺失一事中的角色一直頗有爭議。
1704年牛頓擴充【論顏色】的內容，出版了名著【光學】。
1705年安妮女王授予牛頓爵士勛銜。
1711年皇家學會釋出調查報告，宣布微積分的真正發明者是牛頓，指控萊布尼茲采用了欺詐手段爭奪發明權。此爭議始於1699年有皇家學會的成員認為萊布尼茲剽竊，進而愈演愈烈，直到1711年皇家學會釋出報告，後來發現此報告的結論部份是牛頓自己寫的。現在公認牛頓和萊布尼茲各自獨立發明了微積分，而現在通行的微積分符號體系則采用了萊布尼茲的版本。
1713年【自然哲學的數學原理】第二版出版。
1717年牛頓的外甥女Catherine嫁給牛頓在皇家鑄幣廠的下屬John Conduitt，並開始照顧牛頓直到牛頓去世。
1720年牛頓投資的南海公司倒閉，牛頓在股市損失2萬英鎊（相當於2020年的440萬磅）。
1726年【自然哲學的數學原理】第三版出版，從第三版開始牛頓和萊布尼茲交流微積分的內容被刪除了。
晚年牛頓以脾氣古怪孤僻出名，有人懷疑還是和煉金術實驗導致的重金屬中毒有關（做了一輩子妹子尋大概也有關，的確有人稱牛頓是最後一個魔法師，古今人們在這一點上達成了共識：））。1727年3月20日（公歷3月31日）牛頓於睡夢中去世。牛頓沒有留下遺囑，他的手稿全都留給了Catherine和John Conduitt夫婦。Catherine也是廣為人知的「牛頓被樹上落下的蘋果砸到頭而發現了萬有重力」故事的來源，但是該故事牛頓自己說的的版本則是「看到樹上的蘋果掉到地上」。
（彩蛋：虎克和catherine的詞條裏有不少八卦，我就不寫了，留給讀者自己去看吧：））
（關於行文中一些細節的解釋：
1、文中的人名，如果有眾所周知的統中文音譯我就采用統一音譯，如果沒有就用原文，以免產生誤解。有些比較獨特的會單獨註明。
2、當時的知識分子習慣於用拉丁文寫作，所以論著的標題如果有現成的英語轉譯我會直接拿來用，找不到合適的英語轉譯就用原來的拉丁語標題。
3、因為我對基督教各教派內部神職的中文對應稱呼不熟悉，所以所有的中文稱呼後都會保留英語對照。 ）
