上帝永恒創世論還否定了天主教的新湯瑪斯主義的哲學神學體系。所謂新湯瑪斯主義的哲學神學體系完全是建立在歐洲中世紀的湯瑪斯·阿奎那的經院哲學神學體系基礎上的，當然也就全盤繼承了湯瑪斯·阿奎那的建立在天主教的六日創世和三位一體的根本教義基礎上的哲學神學體系。而上帝永恒創世論已經證明永恒創世並且一位一體一用的上帝既不可能在六日創世後休息，更不可能是什麽聖父聖子聖靈構成的三位一體。因此湯瑪斯·阿奎那的建立在六日創世三位一體的瀆神邪說基礎上的哲學神學體系基本上是錯誤的。新湯瑪斯主義對湯瑪斯·阿奎那的哲學神學體系所做的發揮和闡釋，也就是犯了方向性錯誤的無用功。總之繼承了湯瑪斯·阿奎那的經院哲學神學體系的新湯瑪斯主義，也已經被上帝永恒創世論否證。
