一共四個問題，依次回答
1，先說釋迦牟尼和如來佛祖什麽關系：
比如：
克里斯提亞諾羅納度，人稱C羅，他是一個足球運動員。
克里斯提亞諾羅納度是他的名字，c羅是他的外號，足球運動員是他的本職職業。
同樣的句式套用下來就變成：
喬達摩悉達多，佛號釋迦牟尼佛，他是如來。
喬達摩悉達多是他的名字，釋迦牟尼是他的佛號，如來是他的本質。
題主所說的如來佛祖，正確的叫法應該就是「如來」。佛教中沒有「佛祖」這種叫法，佛祖聽上去感覺佛像是世襲制的一樣。。。但其實不是。
2，再說達摩祖師和釋迦牟尼佛的關系：
釋迦牟尼，原名喬達摩悉達多，他在印度創立了最初的佛教。
後來佛教中有一名佛門弟子，叫菩提達摩，在南北朝時期，來到中國，創立了「禪宗」，因為他是禪宗的開山祖師，所以人稱達摩祖師。
「禪宗」屬於佛教的一個子分支。可以簡單的類比：詩詞也有很多分支：有豪放派，有婉約派等等。佛教在中國也有很多分支，有禪宗，有凈土宗等等。佛教和禪宗是一個包含被包含的關系。
釋迦牟尼，也就是喬達摩悉達多，是佛教的創立者
達摩祖師，也就是菩提達摩，是佛教中的禪宗門派的創立者
3，再說世界各地的佛舍利是誰的？
佛門弟子只要是修為很高的，一般去世火化以後都會有舍利，但是舍利和佛舍利是兩個概念，只有佛的舍利才能叫佛舍利。而我們這個世界目前只有釋迦牟尼一個佛，所以世界各地的佛舍利一定是指的釋迦牟尼佛的，而不是達摩祖師的，也不是其他任何人的。達摩祖師只是佛弟子。
4，再說我們平時跪拜的是哪個佛？
中國各地的寺院裏，會有很多不同的情況。最常見的佛有兩個：一個是釋迦牟尼佛，一個是阿彌陀佛。
釋迦牟尼是我們這個世界的佛，阿彌陀佛是另一個世界的佛。我們的釋迦牟尼佛因為非常推崇阿彌陀佛，所以經常向我們介紹另一個世界的阿彌陀佛。
還拿我最開始的那個例子繼續舉例的話，如果我們這個世界的釋迦牟尼佛是c羅的話，那另一個世界的阿彌陀佛就是梅西。c羅和梅西都是足球運動員。所以釋迦牟尼佛和阿彌陀佛都可以稱為如來。
但是一般寺廟裏佛像不會單獨出現。有時是佛和佛擺在一起，有時是佛和菩薩擺在一起，有時候是佛和羅漢擺在一起，有時候是佛和天神擺在一起。
最常見的是3個擺放在一起的，
也有5個擺放在一起的，
也有7個擺放在一起的。
如果是3個擺放在一起的，一般有以下幾種情況：
中間釋迦牟尼佛，左右擺放迦葉尊者和阿難尊者兩個羅漢（佛和他的兩個弟子），一般情況小乘佛教會這麽擺。因為小乘佛教不太講究菩薩的說法。但也不絕對。
中間釋迦牟尼佛，左右擺放文殊菩薩和普賢菩薩兩個菩薩（華嚴三聖），指的是我們娑婆世界的釋迦牟尼佛和他的兩個左右脅侍菩薩。也有中間擺放毗盧遮那佛的情況，其實和擺放釋迦牟尼佛一個意思。一個是化身，一個是法身，都是指一個人。就類似於c羅即是克里斯提亞諾羅納度又是足球運動員。怎麽說都相互不沖突。
中間釋迦牟尼佛，左右擺放觀音菩薩和地藏菩薩兩個菩薩（娑婆三聖）。世界上有很多菩薩，但是和我們人類因緣最深的還是觀音菩薩和地藏菩薩。因為他們本身願力方向的原因，導致他們的力量更加善長於幫助我們凡夫，而且非常樂於度化眾生苦難。所以這三位擺放在一起，相當於把三位對人類最「友好」的人擺在了一起。所以，平時我們求觀音菩薩，求地藏菩薩的眾生相對會多一點。求其他菩薩相對少一些，這都是有原因的，都是菩薩自身願力以及和我們的緣分有關。
中間釋迦牟尼佛，左右擺放阿彌陀佛和藥師佛兩個佛（橫三世），這三位擺在一起是一種空間上的說法。可以簡單理解為一個星系是一個佛土，我們銀河系在佛教裏叫娑婆世界（不是嚴格對應，簡單理解就好），我們娑婆世界的釋迦牟尼在中間，西方極樂世界的阿彌陀佛在西邊。東方凈琉璃世界的藥師佛在東邊。
中間釋迦牟尼佛，左右擺放燃燈佛和彌勒佛兩個佛（豎三世），也有把燃燈佛變成迦葉佛的情況，含義都代表過去。這三位擺在一起是一種時間上的說法。燃燈佛（時間很久遠以前成佛）或者迦葉佛（釋迦牟尼佛成佛前上一個成佛的，時間沒有燃燈佛久遠）是過去的佛，二者都可以代表過去。含義相同選一個就好了。釋迦牟尼是現在的佛，代表現在。彌勒佛目前還沒有成佛，是緊接著釋迦牟尼佛下一個即將成佛的。代表將來。過去，現在，未來。時間上的含義。
中間毗盧遮那佛，左右擺放盧舍那佛和釋迦牟尼佛（法身，報身，化身），這三位其實可以說都是一個人。這是把釋迦牟尼的三種稱呼都擺出來的情況。釋迦牟尼佛是化身，盧舍那佛是報身，毗盧遮那佛是法身。這三個指的是同一個人。該怎麽簡單的理解法身，報身，和化身的關系呢？我可以舉一個火影忍者的例子。比如，如果把鳴人比做佛的話，那鳴人的影分身就是化身佛，鳴人自己的本體就是報身佛，而鳴人心中的火之意誌就是法身佛。而初代火影，二代火影，三代火影內心都有和鳴人相同的火之意誌，難道他們都是同一個法身佛嗎？對的。所有的佛雖然報身，化身不同，但是法身都是一個，就是毗盧遮那佛。
中間阿彌陀佛，左右擺放觀音菩薩和大勢至菩薩兩個菩薩（西方三聖），這三位都是西方極樂世界的聖賢。而不是娑婆世界的聖賢。正如釋迦牟尼佛有文殊，普賢兩位菩薩作為左右脅侍菩薩一樣。觀音菩薩和大勢至菩薩是阿彌陀佛的左右脅侍菩薩。而且需要註意的是，我們人類中知名度最高的菩薩，觀音菩薩，他並不是我們娑婆世界的人，而是遙遠的西方極樂世界的人。他經常「出差」來我們這裏是由於和我們這個地方有緣。同樣類似的原因，我們生活中，電視作品中，形象最多，知名度最高的佛號竟是阿彌陀佛，而不是釋迦牟尼佛。西方極樂世界的阿彌陀佛和觀音菩薩都和娑婆世界緣分甚深。可以做個易於理解的比喻，釋迦牟尼佛如果是娑婆世界的孩子的家長，那阿彌陀佛就是釋迦牟尼佛為了自己的孩子更有出息，基於自己孩子的習性和特點，專門在外面請的一個輔導老師。
中間藥師佛，左右擺放日光菩薩和月光菩薩兩個菩薩（東方三聖），和上面類似，這三位都是東方凈琉璃世界的聖賢，日光菩薩和月光菩薩是藥師佛的左右脅侍菩薩。
如果是5個擺放在一起的，一般的從左到右依次是：
阿閦佛，寶生佛，毗盧遮那佛，阿彌陀佛，不空成就佛（五方佛，東，南，中，西，北）
也有把左邊第一個阿閦佛換成藥師佛的情況。因為他們兩個都在東方。取一個做代表就好了。這種擺法也是一種空間上的擺法，但是含義卻不是空間上的含義而是代表佛的五種「智」。可以簡單理解為佛的五種德行，五種智慧。
中間的法身毗盧遮那佛代表最根本的「法界體性智」
東方的那一尊代表「大圓鏡智」
西方的那一尊代表「秒觀察智」
南方的那一尊代表「平等行智」
北方的那一尊代表「成所作智」
所以這種擺法的情況下，中間的智是最根本的，其余四方位的四智都是因此衍生出來的。雖然佛教中講究平等，但是在這種含義下，中間的那一尊才是分量最重的。
如果是7個擺放在一起的，一般從左到右依次是：
毗婆屍佛，屍棄佛，毗舍浮佛，拘留孫佛，拘那含牟尼佛，迦葉佛，釋迦牟尼佛（過去七佛），這種擺法是一種時間上的擺法。是在我們娑婆世界裏按照時間順序依次成佛的七位擺出來。其中，前三位是過去莊嚴劫最後成佛的三位，後四位是現在賢劫最早成佛的四位。到目前為止，釋迦牟尼佛也已經涅槃，所以也成為過去佛了。和另外依次成佛的前輩並列稱為過去七佛。
彌勒佛經常和四大天王擺放在一起。一起出現在天王殿裏。大一點的寺院會先有一個天王殿，走進去以後才到正殿。所以可以理解成寓意是接引眾生入佛門的意思。有時候是韋陀尊天菩薩和四大天王擺放在一起，如果更小的寺院，沒有太大的空間的話，韋陀菩薩也經常單獨出現。韋陀菩薩是護法的象征，有他在的含義可以理解為守護這個寺院的安寧。
釋迦牟尼佛有時和十八羅漢擺在一起。也有時和十六羅漢擺在一起。無論是十八個還是十六個，這些羅漢都是釋迦牟尼佛的弟子。寓意都相同。釋迦牟尼佛涅槃以後，囑咐他的弟子們一直守護在世界上，弘揚佛法的意思。只是由於時代不同，朝代背景不同，會流行不同數量的版本。
